【2026年9月1日施行】労基署の残業指導が変わる！厚労省「36協定・監督指導見直し」の真相と中小企業の実務ポイント

はじめに：2026年9月から労基署の「指導のやり方」が変わる

厚生労働省は2026年8月19日、時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します を公表し、2026年9月1日から労働基準監督署（労基署）による企業への監督指導方針を見直すことを明らかにしました。

政府の日本成長戦略等を受けたもので、これまで特別条項付き36協定を締結している企業に対しても一律に行われていた指導方針が変更されます。

一見すると「残業規制が緩くなった」と誤解されがちですが、実態はむしろ「36協定の中身（健康管理措置）が本当に実施されているか厳しく見られる」という内容です。中小企業の事業主や社労担当者が押さえておくべきポイントを整理します。

厚労省が発表した「監督指導見直し」の2大ポイント

① 「月45時間以内」の一律抑制指導の見直し

従来、特別条項付き36協定を締結して繁忙期の残業を適法に認めている事業場に対しても、労基署は「原則枠である月45時間以内に抑えるよう」一律に指導を行っていました。9月1日以降はこの一律指導を見直し、企業の繁閑の波や業務実態に応じた柔軟な運用が考慮されるようになります。

② 「健康確保措置」の実効性を重視する指導へ

一律の時間抑制を改める代わりに、特別条項を適用した際に労使で定めた「健康福祉確保措置（医師の面接指導、勤務間インターバル、連続休暇の取得、深夜業の制限など）」が実際に社内で機能しているかに重点を置いた指導が行われます。

勘違い厳禁！「法律上の残業上限」が変わるわけではない

今回の見直しについて、最も注意すべきなのは以下の点です。

• 労働基準法の上限規制（原則：月45時間・年360時間／特別条項：年720時間、単月100時間未満、複数月平均80時間以内など）は一切変わっていません。
• 変わるのはあくまで「労基署が事業場を指導・調査するときの視点」です。

「残業をもっと増やしても良くなった」と誤認して協定時間を超えて働かせた場合は、当然ながら労働基準法違反（罰則の対象）となります。

中小企業の事業主・担当者が今すぐ確認すべき3つの実務ステップ

形式的に36協定を提出していた中小企業ほど、9月以降の労基署の調査で指摘を受けるリスクが高まります。以下のステップで自社の運用を点検しましょう。

① 特別条項付き36協定の「健康福祉確保措置」を再確認する

協定届を作成する際、「医師による面接指導」「深夜業の回数制限」「勤務間インターバルの確保」「代償休日の付与」などの選択肢にチェックを入れているはずです。自社がどの措置を選択しているか、届出書の控えを確認してください。

② 「形骸化」していないか？実施記録を残す体制づくり

労基署の臨検（調査）が入った際、「協定に書いた健康確保措置を実際に実施しているか」を確認されます。

• 面接指導の案内や実施記録
• 深夜勤務の回数集計
• インターバル時間の確保状況これらを客観的に証明できるよう、勤怠システムや社内記録を整理しておきましょう。

③ 専門機関の無料相談・サポートを活用する

36協定の締結方法や特別条項の適切な設定に不安がある場合、厚生労働省が設置している 働き方改革推進支援センター 等で社労士などの専門家に無料で相談することができます。